Per iniziativa del Comune di Lecce, dell'Università del Salento e dell'ISPE, Istituto per i Servizi alla Persona per l'Europa, il 31 marzo 2006 veniva costituita la Fondazione per la gestione dell'Orto Botanico Universitario, che per statuto ha durata sino al 31 (trentuno) dicembre 2060 (duemilasessanta) eventualmente prorogabile.

La Fondazione ha sede legale in Lecce, in località Masseria S. Angelo, un'area periurbana appena ad est della tangenziale di Lecce, nel tratto immediatamente a ridosso della strada per il mare.